A komplikált vesemedence-gyulladás abban különbözik az egyszerű vesemedence-gyulladástól, hogy ebben az esetben húgyúti akadályozó tényezőt is keresni kell. Ez lehet például vesekő vagy prosztata-megnagyobbodás, melyek miatt vizeletpangás alakul ki - így könnyen felszaporodhatnak a gyulladást kiváltó kórokozók.